肽酶是一種能夠水解肽鏈的酶。它們是所有生物生存所必需的酶，編碼肽酶的基因占所有蛋白質(zhì)的2%。在對(duì)500名個(gè)體的肽酶調(diào)查中，發(fā)現(xiàn)14%的肽酶是藥物靶點(diǎn)（Southan，2001）。肽酶在許多生物過程中發(fā)揮重要作用，包括食物蛋白質(zhì)的消化、細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)循環(huán)、凝血級(jí)聯(lián)、抗原呈遞和各種蛋白質(zhì)的激活，包括酶、肽激素和神經(jīng)遞質(zhì)。

 工業(yè)上使用的許多肽酶都是混合酶，純化的肽酶數(shù)量很少。肽酶最初用于奶酪制作，后來用于果凍（荷馬的《伊利亞特》中記錄的無花果汁含有Ficain酶c01.006）和動(dòng)物胃中發(fā)現(xiàn)的“凝乳酶”（A01.006）。肽酶也可用于使肉變嫩、澄清啤酒、增強(qiáng)奶酪和寵物食品的風(fēng)味。主要用于皮革行業(yè)，去除毛發(fā)，使皮革更柔軟（“軟化”和“浸泡”皮革工藝）；然而，許多這些專利產(chǎn)品的序列和有機(jī)物的來源尚未公開。肽酶還廣泛用于清潔材料，如生物洗衣粉和晶狀體清潔液。除了作為藥物靶標(biāo)外，肽酶還可以幫助消除胃腸道寄生蟲（Anthelminthics），幫助燒傷患者去除死皮（清創(chuàng)），通過消化軟骨測(cè)量血量和緩解背痛，以及治療椎間盤突出癥（化學(xué)核溶解），肽酶在實(shí)驗(yàn)室中也廣泛用作蛋白質(zhì)抑制劑，并用于制造多肽所需的蛋白序列。最近的實(shí)驗(yàn)利用肽酶的抑制特異性來處理重組融合蛋白，例如，NIa內(nèi)肽酶從煙草花葉蝕刻病毒（C04.004）中的病毒多聚蛋白的特定位點(diǎn)：ENLYFQ+G/S。在病毒載體的特定位點(diǎn)引入能夠編碼特定蛋白介體的核苷酸序列片段，可以通過添加肽鏈內(nèi)切酶輕松將特定蛋白從混合物中區(qū)分出來。 

肽酶是生物學(xué)、醫(yī)學(xué)研究和生物技術(shù)中一種非常重要的酶。由于肽酶活性的調(diào)節(jié)是如此重要的一個(gè)方面，數(shù)百種蛋白同時(shí)被研究作為抑制劑。

根據(jù)催化類型，肽酶大致可分為六類：蘇氨酸、天冬氨酸、半胱氨酸、絲氨酸、谷氨酸和金屬離子型肽酶。

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